– Trung tâm Kiểm nghiệm Khánh Hòa là Trung tâm hạng II, đơn vị sự nghiệp trực thuộc Sở Y tế, chịu sự quản lý toàn diện của Giám đốc Sở Y tế, sự chỉ đạo về chuyên môn của các Viện Kiểm nghiệm thuốc Trung ương và Viện Kiểm nghiệm thuốc Tp. Hồ Chí Minh.
– Trung tâm Kiểm nghiệm Khánh Hòa có chức năng tham mưu giúp Giám đốc Sở Y tế trong việc kiểm tra, giám sát và quản lý chất lượng các loại thuốc, mỹ phẩm, thực phẩm (bao gồm cả thực phẩm chức năng) được sản xuất, tồn trữ, lưu hành, sử dụng tại địa phương.